Quels formats de fichiers s'ouvrent dans notre visionneuse d'IRM et de radiographie du genou

Formats d'archives

Si votre examen vous a été remis sous forme d'un seul grand fichier compressé, déposez-le directement dans le visualiseur — nous le décompressons dans votre navigateur.

• ZIP — le format le plus courant sur les CD hospitaliers et les téléchargements des portails patients
• TAR — courant pour les jeux de données de recherche
• .tar.gz et .tgz — TAR + GZIP compressé

Syntaxes de transfert DICOM

Le format technique utilisé pour encoder les données de pixels dans un fichier DICOM. Notre visualiseur décode toutes les syntaxes de transfert courantes utilisées par les scanners cliniques.

• Implicit VR Little Endian (1.2.840.10008.1.2)
• Explicit VR Little Endian (1.2.840.10008.1.2.1)
• JPEG sans perte (1.2.840.10008.1.2.4.70)
• JPEG Extended 12 bits (utilisé par les CBCT dentaires i-CAT)
• RLE Lossless
• Données pixel 8 bits, 12 bits et 16 bits
• Interprétations photométriques MONOCHROME1 et MONOCHROME2

NIfTI (recherche / examens convertis)

NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) est le format utilisé par la plupart des outils de recherche et de post-traitement. Si vous avez traité votre examen via un pipeline comme FreeSurfer ou fastMRI, vous disposez probablement d'un fichier NIfTI.

• .nii — volume NIfTI non compressé
• .nii.gz — NIfTI compressé GZIP (le plus courant)

Ce que contient généralement une étude d'imagerie du genou

Une consultation ambulatoire classique pour le genou génère plusieurs séries plutôt qu'une seule image. Les radiologues s'appuient sur des séquences sagittales et coronales en densité de proton avec saturation de graisse pour tracer les déchirures méniscales et les surfaces cartilagineuses, tandis qu'une série axiale en densité de proton couvre l'articulation fémoro-patellaire et la trochlée. Les séquences pondérées en T2 et STIR mettent en évidence l'œdème médullaire osseux après un traumatisme en torsion ou une contusion du plateau tibial, et une série pondérée en T1 est la méthode standard pour vérifier la continuité du greffon et le signal médullaire plusieurs mois après une reconstruction du LCA. Que l'étude ait été acquise à 1,5T ou 3T modifie le contraste et le bruit, pas le format de fichier — les deux arrivent en DICOM standard, et les séquences avec saturation de graisse (souvent étiquetées « PD FS » sur le disque) sont généralement celles qu'un chirurgien du genou lit en premier pour une lésion méniscale ou ligamentaire.

Les séries de clichés standards sont tout aussi fréquentes dans ce dossier. Une incidence debout en charge de face et une incidence de Rosenberg en flexion révèlent un pincement de l'interligne qu'un examen en décubitus masquerait, une incidence axiale de rotule (ou vue de Merchant) isole l'articulation fémoro-patellaire, et une incidence de profil est celle à partir de laquelle un chirurgien mesure la hauteur rotulienne. Lorsqu'une fracture du plateau tibial doit être cartographiée avant ostéosynthèse, ou lorsqu'un chirurgien a besoin de la position exacte du tunnel après une reconstruction ligamentaire, un scanner dédié du genou rejoint généralement le dossier aux côtés de l'IRM. Beaucoup de ces scanners postopératoires utilisent une reconstruction de réduction d'artefact métallique pour garder lisible l'os autour d'une plaque ou d'une prothèse totale de genou. L'IRM, la radiographie et le scanner sont tous du DICOM sous le capot, et notre visionneuse les ouvre tous de la même manière.

Comment une étude du genou vous parvient habituellement

La plupart des études du genou quittent le centre d'imagerie sous l'une de trois formes. Les CD et DVD remis par les hôpitaux contiennent encore un fichier d'index DICOMDIR à côté de dossiers de coupes numérotées — déposez le dossier complet du disque dans la visionneuse, qui lit le DICOMDIR pour déterminer quelle série est laquelle. Les portails patients remettent plus souvent une seule archive ZIP regroupant toutes les séries de la visite ; la nôtre décompresse cette archive localement plutôt que de l'envoyer où que ce soit. Si votre chirurgien a fait passer l'examen par un pipeline de recherche ou de post-traitement, vous pourriez plutôt disposer d'exports NIfTI — un volume par série, les métadonnées DICOM d'origine ayant été retirées. Quelle que soit sa forme, lorsque plusieurs séries sont regroupées, la pile sagittale en densité de proton mérite généralement d'être chargée en premier, car la plupart des lectures méniscales et cartilagineuses s'appuient sur elle. Il arrive qu'une clinique envoie une seule série par e-mail en pièce jointe ou remette une clé USB plutôt qu'un disque — la visionneuse les traite de la même manière qu'un dossier de CD, puisque les fichiers DICOM eux-mêmes sont identiques quel que soit le support utilisé.

Épaisseur de coupe et rendu 3D pour une étude du genou

Le fait qu'une série du genou se reconstruise proprement en 3D ou dans un autre plan dépend de la façon dont elle a été acquise, pas de l'extension de son fichier. Une IRM clinique classique du genou est généralement découpée en coupes espacées de 3 à 4 millimètres avec de petits intervalles entre elles — parfaite pour une lecture dans le plan d'acquisition d'origine, mais elle produit un volume en escalier une fois reformatée ou rendue en 3D. Les séquences fines réellement isotropes se comportent différemment : le DESS 3D et les séquences de cartographie du cartilage comme CUBE ou SPACE sont acquises en dessous du millimètre dans toutes les directions, donc elles se reconstruisent en vues sagittale, coronale et axiale lisses et tiennent bien dans le rendu volumique. La contrepartie est le temps d'acquisition : une séquence 3D isotrope prend plus de temps à acquérir qu'une séquence 2D d'écho de spin rapide standard, ce qui explique pourquoi de nombreux protocoles cliniques combinent encore une sagittale PD 2D à coupes épaisses avec une seule séquence isotrope fine plutôt que d'acquérir le tout en haute résolution. Une simple radiographie du genou, en revanche, est une seule projection 2D plate — il n'y a aucune profondeur à reconstruire, donc elle s'affiche comme une image plutôt qu'un volume pivotable, quelle que soit la façon dont elle a été exportée.

Compatibilité en un coup d'œil

Guides : visionnage privé et rendu 3D pour les études du genou

Lorsqu'une étude du genou ne s'ouvre toujours pas

Quelques études du genou continuent de mettre en difficulté toute visionneuse fonctionnant dans le navigateur. Les CD hospitaliers chiffrés — provenant surtout d'anciens systèmes PACS européens — nécessitent une copie non chiffrée obtenue via la procédure de communication de dossier de votre centre d'imagerie avant qu'une visionneuse, y compris la nôtre, puisse les lire. Une IRM du genou répartie sur deux disques parce que les séries sagittale et axiale ne tenaient pas sur un seul CD doit être regroupée en un seul fichier ZIP avant de l'importer, afin que la visionneuse puisse faire correspondre les séries des deux moitiés. Les études anonymisées avant de vous être remises — avec le nom du patient et la date de naissance retirés de l'en-tête DICOM — s'ouvrent tout de même correctement, car la visionneuse n'a besoin que des données de pixels et de la géométrie d'imagerie, pas des champs identifiants. Si une série ne se charge toujours pas, vérifiez que ce que vous avez déposé est bien le dossier DICOM lui-même — avec son DICOMDIR et ses fichiers de coupes numérotés — et non simplement le logiciel de visionnage Windows fourni avec le disque.